行政刷新会議は26日、研究開発関連の独立行政法人に対する事業仕分け第2弾を行い、「総合科学技術会議のあり方を中心に科学技術政策を抜本的見直し」という厳しい評価結果を出した。
これは科学技術振興機構の競争的資金に対する評価の中で示された。同機構に対しても「現状維持の規模でガバナンスを強化せよ」という注文が付いたが、「国が戦略性をもっていない」ことの方をより大きな問題だと指摘している。総合科学技術会議に対しては「同会議と文部科学省と独立行政法人との関係が全く整理されてなく、会議自体が機能を果たしていない」という厳しいコメントを突きつけた。
行政刷新会議の事業仕分け結果は、現在の総合科学技術会議の機能を一部手直しする程度ではなく、各省主導で実質的に科学技術関連予算が決められている現在の仕組み自体の改革を意図したもの、ともみられる。
総合科学技術会議は、省庁再編が行われた2001年に内閣府に設置された。「首相のリーダーシップの下、科学技術政策の推進のための司令塔として、わが国全体の科学技術を俯瞰(ふかん)し、総合的かつ基本的な政策の企画立案および総合調整を行う」という責務を負う。メンバーは首相(議長)、科学技術政策担当・文部科学相、総務相、財務相、経済産業相の５閣僚と、学術・産業界からの有識者議員8人で構成されている。