政府は24日の閣議で平成19年度予算案を決定した。科学技術振興費は1兆3,462億円と対18年度比1.1%増、150億円の増額となった。エネルギー対策費(83.6%増)、社会保障関係費(2.8%増)などの増によって、一般歳出が1.3%増となる中で、科学技術振興費は4番目の伸び率となった。
総合科学技術会議のSABC評価を反映して、S評価は129%増、A評価10%増、B評価マイナス24%、C評価マイナス46%という結果になった。
世界最高の研究機能の実現や、国家の総合的な安全保障の向上などを図るための大規模プロジェクト「国家基幹技術」については、すべての予算が増加した。
次世代スーパーコンピュータ77億円(18年度35億円)、X線自由電子レーザー75億円(同23億円)、宇宙輸送システム379億円(同255億円)、海洋地球観測探査システム212億円(同146億円)、高速増殖炉サイクル技術297億円(同241億円)となっている。